大型客船「ミス・オーシャン号」でアフリカへ帰る途中のバーボン博士に「宇宙魔神」を名乗る怪しいものからの脅迫状が電報で届けられた。
すると、空飛ぶ円盤が船に近付いてきて、竜巻を起こしあっという間に飲み込んでしまう。
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SOSの打電も間に合わなかったようだ。
一方、空港ではゲルマン航空の旅客機が狙われた。やはり宇宙魔神を名乗る者が、ヨハネス博士を渡すようにと脅迫。
そのアナウンスが機内に流れたかと思うと正面から円盤が現れ飲み込まれてしまった。
新聞がこのニュースを伝える中、009はギルモア研究所でギルモア博士に「今回の事故は単なる偶然とは思えない」と話していた。
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003によれば、004や005たちの話では客船にも旅客機にも世界的に有名な博士が乗っていたということだった。果たしてこれは偶然の出来事なのだろうか?
009が考えているところへ006と007から連絡が入った。
何と今度は東京にいる立花博士を迎えに行くのでおとなしく引き渡すようにという強迫だった。東京タワーの上空に現れた円盤はタワーを引きちぎるようにして吸い込むと飛び去って行ってしまった。
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警備隊がサイレンを鳴らして立花邸へと向かった。門柱には「立花龍三郎」の表札が。
陸と空から厳重な警備態勢を取り、都民にも絶対に外出しないように呼びかける。
予告時間ちょうど(夜7時)に堂々と現れる円盤。スクランブル攻撃もむなしく上空警備隊は追撃されてしまう。
円盤の下方が開いてはしごが降りてくるとイグアナのような格好をした「宇宙人」が数人、立花邸へ降り立った。警備隊の一斉射撃もまったく歯が立たない。
宇宙人たちは難なく立花博士の研究室へ押し入った。
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だが、宇宙人に背を向けてデスクに座っていたのは立花博士に変装した009だった。
加速装置で宇宙人と交戦する009。椅子に化けていた007や006も加わって宇宙人を取り囲んだ。だが、背中の噴射装置で上空の円盤へと飛び移る宇宙人たち。

「まてっ。」009は007のおでこを蹴って踏み台にすると最後の一人に飛びかかり引き戻した。
すると円盤から小さな飛行艇が表れ周囲を火の海にして009たちが怯んだすきに飛び去ってしまったのだった。
009たちは円盤の追跡を諦め、立花博士を車でギルモア研究所へ送ることにした。

その途中、「宇宙人」たちに疑問を持つ009。
そのとき、海中から円盤が現れた。あとをつけられたのだ。
逃げる間もなく、円盤へと飲み込まれる009たち。そして、倒れている立花博士だけを別室へと運んで行ってしまった。
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009たちが気づかないふりをしていると、円盤の底が開いて空中へと放り出されてしまう。が、007の機転で再び円盤の中へと潜入できた。
宇宙人らは、著名な科学者らを誘拐して地球に一大帝国を築くのだとうそぶく。
だが、009たちの活躍でとうとうボスらしき宇宙人を追い詰める。
そのとき、宇宙人の服が破れて実は人間だったことが明らかになった。
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すきを突いて小型飛行艇で逃げようとするボスを円盤に装備されていたスーパースクリューレイで撃ち落とす009。
正体を見れば誘拐されたはずのヨハネス博士だった。
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彼は自分で誘拐されたと見せかけて実は世界征服をたくらむ組織のボスだったのだ。
やがて、誘拐されていた他の科学者たちは無人島から救い出された。
003と009は二人で夕日を見ながらこれからも正義と平和のために戦うと話すのだった。

※2018.11.17.修正